本系前身為民國五十四年 (1965) 成立的海洋學系以及六十年 (1971) 成立的植物學系。海洋學系在五十八年 (1969) 分為海洋、航海二組,五十九年 (1970) 增設漁業組。六十三年 (1974) 海洋組更名為地質組 (後獨立為地質系),漁業組更名為生物組。
本校為了因應國家社會的人才需求、整合教學資源及提升師資陣容,在民國七十六年 (1987) 將海洋系生物組與植物系合併成立生物系。至此,本系師資的專長領域涵蓋基礎動植物學、生態學、生理學、形態學以及分子生物學,相較於以往海洋系及植物系各自獨立的時期更具廣度。
在20世紀後期,生物科技已經成為生物學的重要分支,在學術主流的變遷以及拓展學生出路的考量下,本系在生物系時期的師資及教學重心即已朝生態與生物技術並重的方向發展,並在93學年度 (2004) 始正式更名為生命科學系。